Estimado: esos de las muflas es como brujería, cada bruja tiene su receta. Hasta donde siempre he entendido, los headers hace un efecto casi que como escape libre, o sea, disminuyen la dificultad de salida de los gases, con lo que el motor iría más desahogado. Generalmente son más anchos a la salida y el diámetro de todo el recorrido también más grande, pero también tienen lugares como "trampas" de gases para no perder compresión en baja.
Creo que JJ, Carlos Fabio o Juan Diego nos pueden ayudar con más conocimiento, saludos